เมื่อวันเสาร์ที่ 2 เมษายน ค.ศ. 2005 สมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอลที่ 2 ก็สิ้นพระชนม์ด้วยพระชนมายุ 84 พรรษา เมื่อเวลา 21.37 น. ตามเวลาท้องถิ่น หรือเวลา 02.37 น. ของวันอาทิตย์ (ที่ 3) ตามเวลาในประเทศไทย หลังจากที่คืนวันพฤหัสบดีที่ 31 มีนาคม ทรงมีไข้สูง อันเป็นผลจากการติดเชื้อในระบบทางเดินปัสสาวะ หลังจากนั้นทรงช็อค และมีอาการพระหทัยล้มเหลว จากนั้นพระอาการของพระองค์ก็ทรุดหนักลงเรื่อยๆ จนสิ้นพระชนม์อย่างสงบในที่สุดในห้องส่วนพระองค์

หลังจากองค์พระสันตะปาปาสิ้นพระชนม์อย่างเป็นทางการแล้ว คณะพระคาร์ดินัลก็จะทำลายสัญลักษณ์ตำแหน่งของพระสันตะปาปา นั่นคือ "เพสคาโตริโอ" หรือวงแหวนแห่งชาวประมง (Ring of the Fisherman) สั่งลดธงประจำสำนักวาติกันลงครึ่งเสา และสุดท้ายปิดประตูสำริดของพระมหาวิหาร ที่จตุรัสเซนต์ ปีเตอร์ เป็นอันเสร็จสิ้นพิธีประกาศการสิ้นพระชนม์

พิธีปลงพระศพสมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอล ที่ 2 จัดขึ้นอย่างสง่า พระศพของสมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอล ที่ 2 ในหีบศพจากต้นสนไซเปรสอันเรียบง่ายถูกเคลื่อนออกจากโบสถ์บาซิลิกา ในนครรัฐวาติกัน เพื่อประกอบพิธีฝัง โดยมีบรรดาผู้นำโลกและผู้นำศาสนากว่า 200 คน มาร่วมไว้อาลัย เมื่อเวลา 15.00 น. ของวันที่ 8 เมษายน พ.ศ. 2548 ขณะที่คริสต์ศาสนิกชนทั่วโลกร่วมรำลึกถึงประมุขแห่งศาสนจักรโรมันคาทอลิกเป็นครั้งสุดท้ายผ่านจอโทรทัศน์

คณะนักบวชแห่งสำนักวาติกันเริ่มเคลื่อนพระศพสมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอล ที่ 2 ออกจากมหาวิหารนักบุญเปโตร เมื่อเวลา 10.00 น. ตามเวลาท้องถิ่น (หรือเวลา 15.00 น. ตามเวลาประเทศไทย) เพื่อประกอบพิธีทางศาสนา ท่ามกลางแขกคนสำคัญและผู้ศรัทธาจากทั่วโลกมาร่วมพิธี ณ จัตุรัสเซนต์ปีเตอร์ เมื่อเสียงระฆังดังขึ้น หีบไม้ภายในบรรจุพระศพถูกเคลื่อนออกมาจากโบสถ์บาซิลิกา โดยเจ้าหน้าที่ของวาติกัน 12 คนซึ่งได้ตั้งหีบศพลงบนพรมหน้าแท่นบูชาที่คลุมด้วยผ้าสีดำและทอง จากนั้นพระคาร์ดินัลโยเซฟ รัตซิงเงอร์ (สมเด็จพระสันตะปาปาเบเนดิกต์ที่ 16) ก็เริ่มทำพิธีมิสซา ขณะที่ฝูงชนเริ่มคร่ำครวญด้วยความสลด บ้างก็เริ่มสวดมนต์ ท่ามกลางบรรยากาศที่โศกเศร้า ตามขนบธรรมเนียมของวาติกัน ภายหลังพิธีมิสซาสิ้นสุดลง หีบพระศพของพระสันตะปาปาจะถูกนำไปใส่หีบเคลือบสังกะสี ก่อนจะบรรจุลงในหีบไม้โอ๊คและนำไปฝังลงภายใต้แท่นหินอ่อนภายในสุสานใต้ดินในมหาวิหารนักบุญเปโตร

บุคคลสำคัญจากทั่วโลกกว่า 200 คน ทั้งกษัตริย์ ผู้นำทางการเมืองและทางศาสนา อาทิ เจ้าชายชาลส์ เจ้าชายแห่งเวลส์ สมเด็จพระราชาธิบดีควน การ์โลสที่ 1 แห่งสเปนและสมเด็จพระราชินีโซเฟีย ซิลวีโอ แบร์ลุสโกนี นายกรัฐมนตรีอิตาลี จอร์จ ดับเบิลยู บุช ประธานาธิบดีสหรัฐอเมริกา โทนี แบลร์ นายกรัฐมนตรีสหราชอาณาจักร ฌัก ชีรัก ประธานาธิบดีฝรั่งเศส รวมทั้งโคฟี อันนัน เลขาธิการองค์การสหประชาชาติ และเหล่าผู้นำชาติอาหรับเดินทางมาร่วมพิธีกันอย่างคับคั่ง โดยรวมกันอยู่ในที่นั่งด้านซ้ายของปะรำพิธี ตรงข้ามกับที่นั่งของบรรดาพระคาร์ดินัลแห่งวาติกัน ขณะที่ผู้แสวงบุญคาดว่ามีนับ 2 ล้านคนเบียดเสียดกันอยู่ในลานของจตุรัสนักบุญเปโตร ทั้งนี้ คาดว่ามีผู้ศรัทธาอีกหลายล้านในทั่วโลกกำลังเฝ้าชมพิธีดังกล่าวผ่านการถ่ายทอดสดจากจอโทรทัศน์

อนึ่ง สมเด็จพระสันตะปาปายอห์น ปอลที่ 2 ทรงปกครองศาสนจักรรวมระยะเวลาทั้งสิ้น 26 ปี 15 วัน ซึ่งยาวนานที่สุดเป็นอันดับที่ 3 ตามประวัติศาสตร์ของศาสนจักรโรมันคาทอลิกอันยาวนานนับ 2,000 ปี โดยเชื่อว่านักบุญเปโตรทรงเป็นผู้ดำรงตำแหน่งพระสันตะปาปายาวนานที่สุด คือ 37 ปี